1596 gab es den 1. Lehrer in St. Margarethen.
Das alte Schulhaus lag unmittelbar neben dem Pfarrhaus.
1854 wurde eine Volksschule gegründet und 1955 eine neue Schule errichtet die zweiklassig geführt wurde.
Es gab damals noch die Oberstufe und so saßen in der 1. Klasse die Schüler der 1. - 3. Schulstufe und in der 2. Klasse die Schüler der 4. - 8. Schulstufe.
1967 wurde St. Margarethen dem Schulsprengel Ober-Grafendorf eingegliedert und seitdem gibt es keine Oberstufe mehr. Die Kinder besuchen nun die Neue Mittelschule in Ober-Grafendorf oder ein Gymnasium ihrer Wahl.
1971 - 1973 wurde auf dem Sportplatz der alten Schule das neue Schulgebäude errichtet. Das alte Schulhaus wurde total renoviert und es ist dort jetzt der Kindergarten sowie die Kindertagesbetreuung untergebracht.
In der neuen Schule gab es zwei, dann drei und bis vor einigen Jahren sogar vier Klassen. Da die Schülerzahlen immer wechseln wird die Schule in jährlich angepasster Klassenanzahl geführt.
1995-1997 Große Renovierung mit teilweisem Umbau:
- Begradigung der Vorderfront
- neue Fenster und Türen
- eine Ölheizung anstatt der Elektroheizung
- neue Fassade
- Restaurierung der Innenräume und neue Schulmöbel
Eine neue Schulküche wurde eingerichtet und der Platz rund um die Schule wurde neu gepflastert und gestaltet.
2006 Anschluss an die Nahwärme St. Margarethen
Die Schule besitzt: 4 Klassenräume 1 Direktion
1 Turnsaal 1 Konferenzzimmer
1 Schulküche 2 Lehrmittelzimmer
Die Leiter unserer Schule seit 1925: VD Anton Platzer
OSR Hermann Schusterbauer
OSR Leopold Waka
OSR Elfriede Edlinger
VD OSR Edeltraud Sobotka
VOL OSR Elfriede Trischler
VD Dipl.-Päd. Edith Hochebner